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Alfredo Pulvirenti
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2020 – today
- 2025
 [j46]Giovanni Micale [j46]Giovanni Micale , Antonio Di Maria , Antonio Di Maria , Roberto Grasso , Roberto Grasso , Vincenzo Bonnici , Vincenzo Bonnici , Alfredo Ferro , Alfredo Ferro , Dennis Shasha , Dennis Shasha , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 MultiGraphMatch: A Subgraph Matching Algorithm for Multigraphs. ACM Trans. Knowl. Discov. Data 19(5): 1-36 (2025)
 [i8]Giovanni Micale, Antonio Di Maria, Roberto Grasso, Vincenzo Bonnici, Alfredo Ferro, Dennis Shasha, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti: [i8]Giovanni Micale, Antonio Di Maria, Roberto Grasso, Vincenzo Bonnici, Alfredo Ferro, Dennis Shasha, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti:
 MultiGraphMatch: a subgraph matching algorithm for multigraphs. CoRR abs/2501.09736 (2025)
- 2024
 [j45]Vincenzo Bonnici [j45]Vincenzo Bonnici , Roberto Grasso, Giovanni Micale, Antonio Di Maria, Dennis Shasha, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno: , Roberto Grasso, Giovanni Micale, Antonio Di Maria, Dennis Shasha, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno:
 ArcMatch: high-performance subgraph matching for labeled graphs by exploiting edge domains. Data Min. Knowl. Discov. 38(6): 3868-3921 (2024)
 [j44]Alessia D'anna [j44]Alessia D'anna , Giuseppe Stella, Anna Maria Gueli, Carmelo Marino, Alfredo Pulvirenti: , Giuseppe Stella, Anna Maria Gueli, Carmelo Marino, Alfredo Pulvirenti:
 Mitigating Interobserver Variability in Radiomics with ComBat: A Feasibility Study. J. Imaging 10(11): 270 (2024)
 [j43]Luca Gallo [j43]Luca Gallo , Vito Latora , Vito Latora , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 MultiplexSAGE: A Multiplex Embedding Algorithm for Inter-Layer Link Prediction. IEEE Trans. Neural Networks Learn. Syst. 35(10): 14075-14084 (2024)
 [c23]Emanuele Martorana [c23]Emanuele Martorana , Roberto Grasso, Giovanni Micale , Roberto Grasso, Giovanni Micale , Salvatore Alaimo , Salvatore Alaimo , Dennis E. Shasha, Rosalba Giugno , Dennis E. Shasha, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 Motif Finding Algorithms: A Performance Comparison. From Computational Logic to Computational Biology 2024: 250-267
 [e1]Domenico Cantone [e1]Domenico Cantone , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 From Computational Logic to Computational Biology - Essays Dedicated to Alfredo Ferro to Celebrate His Scientific Career. Lecture Notes in Computer Science 14070, Springer 2024, ISBN 978-3-031-55247-2 [contents]
 [i7]Marco Bongiovanni, Luca Gallo, Roberto Grasso, Alfredo Pulvirenti: [i7]Marco Bongiovanni, Luca Gallo, Roberto Grasso, Alfredo Pulvirenti:
 MPXGAT: An Attention based Deep Learning Model for Multiplex Graphs Embedding. CoRR abs/2403.19246 (2024)
- 2023
 [j42]Elisabetta C. Sciacca [j42]Elisabetta C. Sciacca , Salvatore Alaimo , Salvatore Alaimo , Gianmarco Silluzio, Alfredo Ferro, Vito Latora, Costantino Pitzalis, Alfredo Pulvirenti, Myles J. Lewis , Gianmarco Silluzio, Alfredo Ferro, Vito Latora, Costantino Pitzalis, Alfredo Pulvirenti, Myles J. Lewis : :
 DEGGs: an R package with shiny app for the identification of differentially expressed gene-gene interactions in high-throughput sequencing data. Bioinform. 39(4) (2023)
 [c22]Giorgio Locicero [c22]Giorgio Locicero , Salvatore Alaimo, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: , Salvatore Alaimo, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 MASFENON: Multi-Agent Adaptive Simulation Framework for Evolution in Networks of Networks. BIBM 2023: 3714-3720
- 2022
 [j41]Alessandro Muscolino, Antonio Di Maria [j41]Alessandro Muscolino, Antonio Di Maria , Rosaria Valentina Rapicavoli, Salvatore Alaimo, Lorenzo Bellomo , Rosaria Valentina Rapicavoli, Salvatore Alaimo, Lorenzo Bellomo , Fabrizio Billeci, Stefano Borzì, Paolo Ferragina, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: , Fabrizio Billeci, Stefano Borzì, Paolo Ferragina, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 NETME: on-the-fly knowledge network construction from biomedical literature. Appl. Netw. Sci. 7(1): 1-24 (2022)
 [j40]Grete Francesca Privitera [j40]Grete Francesca Privitera , Salvatore Alaimo, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: , Salvatore Alaimo, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 Virus finding tools: current solutions and limitations. Briefings Bioinform. 23(4) (2022)
 [c21]Ilaria Cosentini [c21]Ilaria Cosentini , Vincenza Barresi, Daniele Filippo Condorelli, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Salvatore Alaimo: , Vincenza Barresi, Daniele Filippo Condorelli, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Salvatore Alaimo:
 COMBO: A Computational Framework to Analyze RNA-seq and Methylation Data Through Heterogeneous Multi-layer Networks. COMPLEX NETWORKS (1) 2022: 251-264
 [i6]Luca Gallo, Vito Latora, Alfredo Pulvirenti: [i6]Luca Gallo, Vito Latora, Alfredo Pulvirenti:
 MultiSAGE: a multiplex embedding algorithm for inter-layer link prediction. CoRR abs/2206.13223 (2022)
- 2021
 [j39]Giovanni Micale [j39]Giovanni Micale , Giorgio Locicero , Giorgio Locicero , Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro: , Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro:
 TemporalRI: subgraph isomorphism in temporal networks with multiple contacts. Appl. Netw. Sci. 6(1): 55 (2021)
 [j38]Alessandro La Ferlita [j38]Alessandro La Ferlita , Salvatore Alaimo, Sebastiano Di Bella , Salvatore Alaimo, Sebastiano Di Bella , Emanuele Martorana , Emanuele Martorana , Georgios I. Laliotis, Francesco Bertoni, Luciano Cascione, Philip N. Tsichlis, Alfredo Ferro, Roberta Bosotti, Alfredo Pulvirenti , Georgios I. Laliotis, Francesco Bertoni, Luciano Cascione, Philip N. Tsichlis, Alfredo Ferro, Roberta Bosotti, Alfredo Pulvirenti : :
 RNAdetector: a free user-friendly stand-alone and cloud-based system for RNA-Seq data analysis. BMC Bioinform. 22(1): 298 (2021)
 [j37]Roberto Grasso, Giovanni Micale, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: [j37]Roberto Grasso, Giovanni Micale, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 MODIT: MOtif DIscovery in Temporal Networks. Frontiers Big Data 4 (2021)
 [j36]Salvatore Alaimo [j36]Salvatore Alaimo , Rosaria Valentina Rapicavoli, Gioacchino P. Marceca, Alessandro La Ferlita , Rosaria Valentina Rapicavoli, Gioacchino P. Marceca, Alessandro La Ferlita , Oksana B. Serebrennikova, Philip N. Tsichlis , Oksana B. Serebrennikova, Philip N. Tsichlis , Bud Mishra, Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro , Bud Mishra, Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro : :
 PHENSIM: Phenotype Simulator. PLoS Comput. Biol. 17(6) (2021)
- 2020
 [j35]Emanuele Martorana [j35]Emanuele Martorana , Giovanni Micale , Giovanni Micale , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti : :
 Establish the expected number of induced motifs on unlabeled graphs through analytical models. Appl. Netw. Sci. 5(1): 58 (2020)
 [j34]Sebastiano Di Bella [j34]Sebastiano Di Bella , Alessandro La Ferlita , Alessandro La Ferlita , Giovanni Carapezza, Salvatore Alaimo , Giovanni Carapezza, Salvatore Alaimo , Antonella Isacchi, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Roberta Bosotti , Antonella Isacchi, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Roberta Bosotti : :
 A benchmarking of pipelines for detecting ncRNAs from RNA-Seq data. Briefings Bioinform. 21(6): 1987-1998 (2020)
 [c20]Alessandro Muscolino, Antonio Di Maria [c20]Alessandro Muscolino, Antonio Di Maria , Salvatore Alaimo, Stefano Borzì, Paolo Ferragina, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: , Salvatore Alaimo, Stefano Borzì, Paolo Ferragina, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 NETME: On-the-Fly Knowledge Network Construction from Biomedical Literature. COMPLEX NETWORKS (2) 2020: 386-397
 [c19]Giorgio Locicero [c19]Giorgio Locicero , Giovanni Micale , Giovanni Micale , Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro: , Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro:
 TemporalRI: A Subgraph Isomorphism Algorithm for Temporal Networks. COMPLEX NETWORKS (2) 2020: 675-687
 [i5]Giovanni Micale, Vincenzo Bonnici, Alfredo Ferro, Dennis E. Shasha, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti: [i5]Giovanni Micale, Vincenzo Bonnici, Alfredo Ferro, Dennis E. Shasha, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti:
 MultiRI: Fast Subgraph Matching in Labeled Multigraphs. CoRR abs/2003.11546 (2020)
2010 – 2019
- 2019
 [j33]Alessandro La Ferlita [j33]Alessandro La Ferlita , Salvatore Alaimo, Dario Veneziano, Giovanni Nigita , Salvatore Alaimo, Dario Veneziano, Giovanni Nigita , Veronica Balatti, Carlo Maria Croce, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: , Veronica Balatti, Carlo Maria Croce, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 Identification of tRNA-derived ncRNAs in TCGA and NCI-60 panel cell lines and development of the public database tRFexplorer. Database J. Biol. Databases Curation 2019: baz115 (2019)
 [j32]Salvatore Alaimo [j32]Salvatore Alaimo , Antonio Di Maria , Antonio Di Maria , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 TACITuS: transcriptomic data collector, integrator, and selector on big data platform. BMC Bioinform. 20-S(9): 366:1-366:11 (2019)
 [j31]Giovanni Micale [j31]Giovanni Micale , Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno, Dennis E. Shasha: , Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno, Dennis E. Shasha:
 Fast methods for finding significant motifs on labelled multi-relational networks. J. Complex Networks 7(6): 817-837 (2019)
 [c18]Emanuele Martorana [c18]Emanuele Martorana , Giovanni Micale , Giovanni Micale , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 Establish the Expected Number of Injective Motifs on Unlabeled Graphs Through Analytical Models. COMPLEX NETWORKS (2) 2019: 255-267
 [i4]Alessandro Pluchino, Giulio Burgio, Andrea Rapisarda, Alessio Emanuele Biondo, Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro, Toni Giorgino: [i4]Alessandro Pluchino, Giulio Burgio, Andrea Rapisarda, Alessio Emanuele Biondo, Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro, Toni Giorgino:
 Exploring the Role of Interdisciplinarity in Physics: Success, Talent and Luck. CoRR abs/1901.03607 (2019)
- 2018
 [j30]Davide S. Sardina [j30]Davide S. Sardina , Giovanni Micale , Giovanni Micale , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno : :
 INBIA: a boosting methodology for proteomic network inference. BMC Bioinform. 19-S(7): 77-88 (2018)
 [j29]Giovanni Micale [j29]Giovanni Micale , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Misael Mongiovì , Alfredo Ferro, Misael Mongiovì , Dennis E. Shasha, Alfredo Pulvirenti , Dennis E. Shasha, Alfredo Pulvirenti : :
 Fast analytical methods for finding significant labeled graph motifs. Data Min. Knowl. Discov. 32(2): 504-531 (2018)
 [j28]Nicola Lettieri [j28]Nicola Lettieri , Antonio Altamura, Rosalba Giugno , Antonio Altamura, Rosalba Giugno , Alfonso Guarino, Delfina Malandrino , Alfonso Guarino, Delfina Malandrino , Alfredo Pulvirenti, Francesco Vicidomini, Rocco Zaccagnino , Alfredo Pulvirenti, Francesco Vicidomini, Rocco Zaccagnino : :
 Ex Machina: Analytical platforms, Law and the Challenges of Computational Legal Science. Future Internet 10(5): 37 (2018)
 [j27]Francesco Russo [j27]Francesco Russo , Sebastiano Di Bella , Sebastiano Di Bella , Federica Vannini, Gabriele Berti, Flavia Scoyni , Federica Vannini, Gabriele Berti, Flavia Scoyni , Helen Cook , Helen Cook , Alberto Santos , Alberto Santos , Giovanni Nigita , Giovanni Nigita , Vincenzo Bonnici , Vincenzo Bonnici , Alessandro Laganà, Filippo Geraci , Alessandro Laganà, Filippo Geraci , Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Federico De Masi , Federico De Masi , Kirstine Belling , Kirstine Belling , Lars Juhl Jensen , Lars Juhl Jensen , Søren Brunak, Marco Pellegrini , Søren Brunak, Marco Pellegrini , Alfredo Ferro: , Alfredo Ferro:
 miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers. Nucleic Acids Res. 46(Database-Issue): D354-D359 (2018)
 [c17]Antonino Aparo [c17]Antonino Aparo , Vincenzo Bonnici , Vincenzo Bonnici , Giovanni Micale , Giovanni Micale , Alfredo Ferro, Dennis E. Shasha, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Dennis E. Shasha, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno : :
 Simple Pattern-only Heuristics Lead to Fast Subgraph Matching Strategies on Very Large Networks. PACBB 2018: 131-138
 [p3]Misael Mongiovì, Giovanni Micale, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Dennis E. Shasha: [p3]Misael Mongiovì, Giovanni Micale, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Dennis E. Shasha:
 gLabTrie: A Data Structure for Motif Discovery with Constraints. Graph Data Management 2018: 71-95
- 2017
 [j26]Davide S. Sardina [j26]Davide S. Sardina , Salvatore Alaimo , Salvatore Alaimo , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno : :
 A novel computational method for inferring competing endogenous interactions. Briefings Bioinform. 18(6): 1071-1081 (2017)
 [c16]Andre Petermann, Giovanni Micale [c16]Andre Petermann, Giovanni Micale , Giacomo Bergami , Giacomo Bergami , Alfredo Pulvirenti, Erhard Rahm , Alfredo Pulvirenti, Erhard Rahm : :
 Mining and ranking of generalized multi-dimensional frequent subgraphs. ICDIM 2017: 236-245
- 2016
 [j25]Vincenzo Bonnici [j25]Vincenzo Bonnici , Federico Busato, Giovanni Micale , Federico Busato, Giovanni Micale , Nicola Bombieri, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Nicola Bombieri, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno : :
 APPAGATO: an APproximate PArallel and stochastic GrAph querying TOol for biological networks. Bioinform. 32(14): 2159-2166 (2016)
 [j24]Angelo Nuzzo, Giovanni Carapezza, Sebastiano Di Bella [j24]Angelo Nuzzo, Giovanni Carapezza, Sebastiano Di Bella , Alfredo Pulvirenti, Antonella Isacchi, Roberta Bosotti: , Alfredo Pulvirenti, Antonella Isacchi, Roberta Bosotti:
 KAOS: a new automated computational method for the identification of overexpressed genes. BMC Bioinform. 17(S-12): 5-14 (2016)
- 2015
 [j23]Anna P. Privitera [j23]Anna P. Privitera , Rosario Distefano, Hugo A. Wefer, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Rosario Distefano, Hugo A. Wefer, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno : :
 OCDB: a database collecting genes, miRNAs and drugs for obsessive-compulsive disorder. Database J. Biol. Databases Curation 2015 (2015)
 [j22]Salvatore Alaimo [j22]Salvatore Alaimo , Vincenzo Bonnici , Vincenzo Bonnici , Damiano Cancemi, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Damiano Cancemi, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti: , Alfredo Pulvirenti:
 DT-Web: a web-based application for drug-target interaction and drug combination prediction through domain-tuned network-based inference. BMC Syst. Biol. 9(S-3): S4 (2015)
 [j21]Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno [j21]Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Rosario Distefano, Giuseppe Pigola, Misael Mongiovì , Rosario Distefano, Giuseppe Pigola, Misael Mongiovì , Girolamo Giudice , Girolamo Giudice , Vera Vendramin, Alessandro Lombardo, Federica Cattonaro, Alfredo Ferro: , Vera Vendramin, Alessandro Lombardo, Federica Cattonaro, Alfredo Ferro:
 A knowledge base for Vitis vinifera functional analysis. BMC Syst. Biol. 9(S-3): S5 (2015)
 [i3]Salvatore Alaimo, Rosalba Giugno, Mario Acunzo, Dario Veneziano, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti: [i3]Salvatore Alaimo, Rosalba Giugno, Mario Acunzo, Dario Veneziano, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti:
 Post-transcriptional knowledge in pathway analysis increases the accuracy of phenotypes classification. CoRR abs/1510.08237 (2015)
 [i2]Fabio Rinnone [i2]Fabio Rinnone , Giovanni Micale, Vincenzo Bonnici, Gary D. Bader , Giovanni Micale, Vincenzo Bonnici, Gary D. Bader , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno : :
 NetMatchStar: an enhanced Cytoscape network querying app. F1000Research 4: 479 (2015)
- 2014
 [i1]Giovanni Micale [i1]Giovanni Micale , Andrea Continella, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Andrea Continella, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti: , Alfredo Pulvirenti:
 GASOLINE: a Cytoscape app for multiple local alignment of PPI networks. F1000Research 3: 140 (2014)
- 2013
 [j20]Salvatore Alaimo [j20]Salvatore Alaimo , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Alfredo Ferro: , Alfredo Ferro:
 Drug-target interaction prediction through domain-tuned network-based inference. Bioinform. 29(16): 2004-2008 (2013)
 [j19]Carmela Gissi [j19]Carmela Gissi , Paolo Romano , Paolo Romano , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Angelo M. Facchiano , Angelo M. Facchiano , Manuela Helmer-Citterich , Manuela Helmer-Citterich : :
 Bioinformatics in Italy: BITS 2012, the ninth annual meeting of the Italian Society of Bioinformatics. BMC Bioinform. 14(S-7): S1 (2013)
 [j18]Vincenzo Bonnici [j18]Vincenzo Bonnici , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro: , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro:
 A subgraph isomorphism algorithm and its application to biochemical data. BMC Bioinform. 14(S-7): S13 (2013)
 [j17]Rosario Distefano, Giovanni Nigita [j17]Rosario Distefano, Giovanni Nigita , Valentina Macca, Alessandro Laganà, Rosalba Giugno , Valentina Macca, Alessandro Laganà, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Ferro: , Alfredo Ferro:
 VIRGO: visualization of A-to-I RNA editing sites in genomic sequences. BMC Bioinform. 14(S-7): S5 (2013)
 [j16]Carmelo Cassisi [j16]Carmelo Cassisi , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti : :
 Enhancing density-based clustering: Parameter reduction and outlier detection. Inf. Syst. 38(3): 317-330 (2013)
- 2012
 [j15]Alessandro Laganà, Alessio Paone [j15]Alessandro Laganà, Alessio Paone , Dario Veneziano, Luciano Cascione , Dario Veneziano, Luciano Cascione , Pierluigi Gasparini , Pierluigi Gasparini , Stefania Carasi, Francesco Russo , Stefania Carasi, Francesco Russo , Giovanni Nigita , Giovanni Nigita , Valentina Macca, Rosalba Giugno , Valentina Macca, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro, Carlo Maria Croce: , Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro, Carlo Maria Croce:
 miR-EdiTar: a database of predicted A-to-I edited miRNA target sites. Bioinform. 28(23): 3166-3168 (2012)
- 2011
 [j14]S. Cristaldi, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [j14]S. Cristaldi, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti : :
 Obstacles constrained group mobility models in event-driven wireless networks with movable base stations. Ad Hoc Networks 9(3): 400-417 (2011)
 [j13]Paolo Romano [j13]Paolo Romano , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 Editorial. Briefings Bioinform. 12(6): 547-548 (2011)
 [j12]Paolo Romano [j12]Paolo Romano , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 Tools and collaborative environments for bioinformatics research. Briefings Bioinform. 12(6): 549-561 (2011)
 [c15]Marco Aliotta, Andrea Cannata [c15]Marco Aliotta, Andrea Cannata , Carmelo Cassisi , Carmelo Cassisi , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Placido Montalto , Placido Montalto , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 DBStrata: a system for density-based clustering and outlier detection based on stratification. SISAP 2011: 107-108
 [p2]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [p2]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti, Dennis E. Shasha: , Alfredo Pulvirenti, Dennis E. Shasha:
 Behind Efficient Algorithms to Search in Graphs. Graph Data Management 2011: 89-111
- 2010
 [j11]Raffaele Di Natale [j11]Raffaele Di Natale , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Misael Mongiovì , Misael Mongiovì , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Dennis E. Shasha: , Dennis E. Shasha:
 SING: Subgraph search In Non-homogeneous Graphs. BMC Bioinform. 11: 96 (2010)
 [j10]Misael Mongiovì [j10]Misael Mongiovì , Raffaele Di Natale , Raffaele Di Natale , Rosalba Giugno , Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Ferro, Roded Sharan: , Alfredo Ferro, Roded Sharan:
 Sigma: a Set-Cover-Based Inexact Graph Matching Algorithm. J. Bioinform. Comput. Biol. 8(2): 199-218 (2010)
 [c14]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [c14]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Piera Laura Puglisi, Alfredo Pulvirenti , Piera Laura Puglisi, Alfredo Pulvirenti : :
 An Efficient Duplicate Record Detection Using q-Grams Array Inverted Index. DaWak 2010: 309-323
 [c13]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [c13]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Piera Laura Puglisi, Alfredo Pulvirenti , Piera Laura Puglisi, Alfredo Pulvirenti : :
 MySQL Data Mining: Extending MySQL to Support Data Mining Primitives (Demo). KES (3) 2010: 438-444
 [c12]Vincenzo Bonnici [c12]Vincenzo Bonnici , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Dennis E. Shasha: , Dennis E. Shasha:
 Enhancing Graph Database Indexing by Suffix Tree Structure. PRIB 2010: 195-203
2000 – 2009
- 2009
 [j9]Alessandro Laganà, Stefano Forte [j9]Alessandro Laganà, Stefano Forte , A. Giudice, M. R. Arena, Piera Laura Puglisi, Rosalba Giugno , A. Giudice, M. R. Arena, Piera Laura Puglisi, Rosalba Giugno , Alfredo Pulvirenti, Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro: , Alfredo Pulvirenti, Dennis E. Shasha, Alfredo Ferro:
 miRò: a miRNA knowledge base. Database J. Biol. Databases Curation 2009 (2009)
 [c11]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [c11]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Piera Laura Puglisi, Alfredo Pulvirenti , Piera Laura Puglisi, Alfredo Pulvirenti : :
 BitCube: A Bottom-Up Cubing Engineering. DaWaK 2009: 189-203
 [c10]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [c10]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Misael Mongiovì , Misael Mongiovì , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti : :
 Distributed randomized algorithms for low-support data mining. IPDPS 2009: 1-7
- 2008
 [j8]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [j8]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Misael Mongiovì , Misael Mongiovì , Alfredo Pulvirenti , Alfredo Pulvirenti , Dmitry Skripin, Dennis E. Shasha: , Dmitry Skripin, Dennis E. Shasha:
 GraphFind: enhancing graph searching by low support data mining techniques. BMC Bioinform. 9(S-4) (2008)
- 2007
 [j7]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [j7]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti , Dmitry Skripin, Gary D. Bader , Dmitry Skripin, Gary D. Bader , Dennis E. Shasha: , Dennis E. Shasha:
 NetMatch: a Cytoscape plugin for searching biological networks. Bioinform. 23(7): 910-912 (2007)
 [j6]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [j6]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti , Cinzia Di Pietro , Cinzia Di Pietro , Michele Purrello, Marco Ragusa , Michele Purrello, Marco Ragusa : :
 Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic backtranslation. BMC Bioinform. 8 (2007)
- 2006
 [c9]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [c9]Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Misael Mongiovì , Misael Mongiovì , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti , Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti : :
 Distributed antipole clustering for efficient data search and management in Euclidean and metric spaces. IPDPS 2006
- 2005
 [j5]Domenico Cantone [j5]Domenico Cantone , Gianluca Cincotti, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti , Gianluca Cincotti, Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti : :
 An Efficient Approximate Algorithm for the 1-Median Problem in Metric Spaces. SIAM J. Optim. 16(2): 434-451 (2005)
 [j4]Domenico Cantone [j4]Domenico Cantone , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti , Alfredo Ferro, Alfredo Pulvirenti , Diego Reforgiato Recupero , Diego Reforgiato Recupero , Dennis E. Shasha: , Dennis E. Shasha:
 Antipole Tree Indexing to Support Range Search and K-Nearest Neighbor Search in Metric Spaces. IEEE Trans. Knowl. Data Eng. 17(4): 535-550 (2005)
 [c8]Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Diego Reforgiato Recupero: [c8]Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Diego Reforgiato Recupero:
 Clustered Trie Structures for Approximate Search in Hierarchical Objects Collections. ICAPR (1) 2005: 63-70
 [c7]Domenico Cantone, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno [c7]Domenico Cantone, Alfredo Ferro, Rosalba Giugno , Giuseppe Lo Presti, Alfredo Pulvirenti: , Giuseppe Lo Presti, Alfredo Pulvirenti:
 Multiple-Winners Randomized Tournaments with Consensus for Optimization Problems in Generic Metric Spaces. WEA 2005: 265-276
 [p1]Cinzia Di Pietro, Alfredo Ferro, Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti, Michele Purrello, Marco Ragusa, Dennis E. Shasha: [p1]Cinzia Di Pietro, Alfredo Ferro, Giuseppe Pigola, Alfredo Pulvirenti, Michele Purrello, Marco Ragusa, Dennis E. Shasha:
 AntiClustAl: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering. Data Mining in Bioinformatics 2005: 43-57
- 2004
 [c6]Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Marco Ragusa [c6]Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Marco Ragusa , Loredana Facciola, Laura Patelmo, Valentina Di Pietro, Cinzia Di Pietro, Michele Purrello, Alfredo Ferro: , Loredana Facciola, Laura Patelmo, Valentina Di Pietro, Cinzia Di Pietro, Michele Purrello, Alfredo Ferro:
 Locally sensitive backtranslation based on multiple sequence alignment. CIBCB 2004: 231-237
- 2003
 [b1]Alfredo Pulvirenti: [b1]Alfredo Pulvirenti:
 Data structures and algorithms for optimization problems and advanced search in high-dimension metric spaces. University of Catania, Italy, 2003
 [j3]A. Andronico, Roberto Barbera [j3]A. Andronico, Roberto Barbera , Alberto Falzone, Peter Z. Kunszt , Alberto Falzone, Peter Z. Kunszt , Giuseppe Lo Re, Alfredo Pulvirenti, A. Rodolico: , Giuseppe Lo Re, Alfredo Pulvirenti, A. Rodolico:
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